Analisis data awam
Data mengenai keturunan SARS-CoV-2 dan tarikh sampel diambil dari urutan yang tersedia dari Chile diperoleh dari laman web Consorcio Genomas CoV2 yang terdapat di https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Data vaksinasi diperoleh dari data awam dari Kementerian Sains, Teknologi, Pengetahuan dan Inovasi yang terdapat di https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Produk 83).
Ujian ketidaksampaian
Virus pseudotyped yang membawa protein spike SARS-CoV-2 yang berbeza telah disiapkan seperti yang telah kita jelaskan sebelumnya12. Secara ringkas, pseudotaip SARS-CoV-1 berasaskan HIV dihasilkan dalam sel HEK2T dengan mentransfeksi pNL293-ΔEnv-Luc bersama dengan vektor pengkodan pCDNA-SARS-CoV-4.3 Spike dalam nisbah molar 2: 1. Plasmid yang mengkodkan lonjakan yang dioptimumkan kodon tanpa 1 asid amino akhir C-terminal akhir (SΔ19) yang diketahui dapat mengelakkan penahan pada retikulum endoplasma12 diperoleh dengan sintesis gen atau mutagenesis yang diarahkan ke lokasi disesuaikan (GeneScript) dan mengandungi mutasi berikut: garis keturunan A (urutan rujukan), garis keturunan B (D614G), garis keturunan B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), garis keturunan P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) dan keturunan C.37 (G75V, T76I, G 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). Setiap penyediaan pseudotype dibersihkan dengan sentrifugasi pada 859 rpm pada suhu bilik, dihitung menggunakan Kit ELISA Quantikine HIV-3,000 Gag p1 (Sistem R&D), diasingkan dalam serum sapi janin 24% (Sigma-Aldrich) dan disimpan pada -50 ° C hingga menggunakan. Jumlah virus pseudotip yang berlainan (seperti yang ditentukan oleh tahap protein HIV-80 p1) digunakan untuk menjangkiti sel HEK-ACE24 dan 2 jam kemudian, aktiviti luciferase kunang-kunang diukur dengan menggunakan Luciferase Assay Reagen (Promega) dalam Glomax 48 Microplate luminometer (Promega).
Ujian peneutralan
Uji peneutralan virus pseudotyped dilakukan pada dasarnya seperti yang telah kita jelaskan sebelumnya12. Secara ringkas, pengenceran bersiri sampel plasma (1: 4 hingga 1: 8748) disediakan dalam DMEM dengan 10% serum janin sapi dan diinkubasi dengan 5 ng p24 setiap virus pseudotyped selama 1 jam pada 37 ° C dan kemudian, 1 × 104 sel HEK-ACE2 ditambahkan ke setiap telaga. Sel HEK293T (tidak menyatakan ACE2) yang diinkubasi dengan virus pseudotyped (garis keturunan A) digunakan sebagai kawalan negatif. Sel-sel disenyawakan 48 jam kemudian, dan aktiviti luciferase kunang-kunang diukur dengan menggunakan Luciferase Assay Reagen (Promega) dalam Glomax 96 Microplate luminometer (Promega). Peratusan peneutralan untuk setiap pencairan dikira dan ID50 setiap sampel dikira menggunakan GraphPad Prism versi 9.0.1.
Analisis statistik
Analisis statistik dilakukan dengan menggunakan perisian GraphPad Prism versi 9.1.2. Perbandingan pelbagai kumpulan untuk meneutralkan titer antibodi (NAbTs) terhadap panel virus pseudotaip SARS-CoV-2 serta perbandingan tindak balas NAbs mengikut status seks dan asap dilakukan menggunakan ujian peringkat ditandatangani Wilcoxon berpasangan. Perubahan faktor dikira sebagai perbezaan titer min geometri dalam ID50 berbanding dengan virus pseudotyped jenis Wild. Analisis korelasi antara NAbT dan usia atau BMI dilakukan menggunakan ujian Spearman. Ujian perbandingan ANOVA sehala dan Tukey dilakukan untuk analisis statistik infektiviti. Nilai p ≤0.05 dianggap signifikan secara statistik.
Kelulusan beretika
Protokol kajian telah diluluskan oleh Jawatankuasa Etika Fakulti Perubatan di Universidad de Chile (Projek N ° 0361-2021 dan N ° 096-2020) dan Clínica Santa Maria (Projek N ° 132604-21). Semua penderma menandatangani persetujuan yang dimaklumkan, dan sampelnya tidak dikenali.
Kesan mutasi lonjakan pada varian Lambda terhadap infektiviti dan meneutralkan tindak balas antibodi
Analisis 3695 urutan dari Chile disimpan di GISAID pada 24 Junth 2021 menunjukkan dominasi jelas dari varian SARS-CoV-2 Gamma dan Lambda semasa perakaunan trimester terakhir, bersama-sama, untuk 79% dari semua urutan.
Menariknya, tempoh ini ditandai dengan kempen vaksinasi besar-besaran di mana 65.6% populasi sasaran (individu berusia 18 tahun dan lebih tua) telah menerima skema vaksinasi lengkap pada 27 Junth 2021
Memandangkan 78.2% orang yang diinokulasi dengan skema lengkap menerima vaksin virus CoronaVac yang tidak aktif dari Sinovac Biotech, kami berusaha untuk menyelidiki kesan mutasi lonjakan yang terdapat pada varian Lambda pada kapasiti peneutralan antibodi yang dihasilkan oleh vaksin ini.
Untuk ini, kami menghasilkan virus pseudotaip SARS-CoV-1 berdasarkan HIV-2 yang membawa protein lonjakan dari garis keturunan rujukan Wuhan-1 (Jenis liar; garis keturunan A), mutasi D614G (garis keturunan B), dan Alpha (garis keturunan B .1.1.7), varian Gamma (garis keturunan P.1) dan Lambda (keturunan C.37).
Semasa penyusunan virus, kami secara konsisten mengamati bahawa sel yang dijangkiti virus pseudotyped yang membawa lonjakan Lambda menghasilkan nilai bioluminescence yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan mutan D614G atau varian Alpha dan Gamma yang menunjukkan peningkatan infektiviti yang didorong oleh protein lonjakan Lambda.
Rajah 1.Jangkitan disebabkan oleh protein lonjakan yang berbeza.
(A) Skema representasi protein lonjakan SARS-CoV-2 dan varian yang digunakan dalam kajian ini. Keturunan ditunjukkan dalam kurungan. RBD, domain pengikat reseptor, CM; ekor sitoplasma.
(B) Titrasi pseudotaip setiap keturunan menggunakan jumlah yang setara dengan HIV-1 p24. Aktiviti luciferase kunang-kunang diukur sebagai unit luminescence relatif (RLU) pada 48 jam selepas jangkitan. Purata dan SD dikira dari eksperimen tiga rangkap.
Seterusnya, kami menggunakan virus pseudotyped yang disebutkan di atas untuk melakukan uji peneutralan menggunakan 79 sampel plasma dari pekerja kesihatan yang sihat dari Universidad de Chile dan Clínica Santa María di Santiago, Chile.
Kami mengecualikan 4 sampel kerana kami tidak dapat mengira titer ID50. Dari sampel yang dianalisis, 73% sesuai dengan wanita, usia rata-rata 34 tahun (IQR 29 - 43) dan indeks maksimum badan (BMI) 25 (IQR 22.7 - 27). Sebanyak 20.5% peserta menyatakan diri sebagai perokok aktif sementara tempoh imunisasi berlangsung. Sampel diperoleh dalam median 95 hari (IQR 76 - 96) selepas dos kedua vaksin CoronaVac
Kami memerhatikan bahawa peneutralan virus pseudotyped yang membawa protein spike jenis Wild menghasilkan pencairan penghambatan 50% (ID50) titer min 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), sementara itu adalah 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI ) dan 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) untuk virus pseudotyped yang membawa protein lonjakan dari mutan D614G atau varian Alpha, Gamma dan Lambda.
Kami juga memerhatikan bahawa titer min geometri ID50 titer menurun dengan faktor 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) untuk virus pseudotyped yang membawa lonjakan Lambda, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) untuk lonjakan Gamma, 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) untuk lonjakan Alpha dan 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) untuk lonjakan D614G jika dibandingkan dengan lonjakan jenis Wild.
Tidak ada korelasi antara jantina, usia, indeks jisim badan (BMI) atau status asap dan titisan antibodi peneutralan diperhatikan dalam kohort kajian kami.
Rajah 2.Ujian peneutralan menggunakan sampel plasma dari vaksin CoronaVac
(A) Perubahan dalam titer peneutralan 50% timbal balik (ID50) dalam sampel plasma dari 75 penerima vaksin CoronaVac terhadap D614G (garis keturunan B), Alpha (keturunan B.1.1.7),
Varian Gamma (keturunan P.1) dan Lambda (keturunan C.37) dibandingkan dengan virus jenis liar. Hasil ditunjukkan sebagai perbezaan dalam titisan peneutralan sampel yang dipadankan. Nilai P untuk perbandingan ID50 dikira dengan ujian peringkat ditandatangani Wilcoxon.
(B) Petak kotak menunjukkan ID median dan jarak antara kuartil (IQR)50 untuk setiap virus pseudotaip. Perubahan faktor ditunjukkan sebagai perbezaan titer min geometri dalam ID50 berbanding dengan virus jenis pseudotyped Wild. Analisis statistik dilakukan dengan menggunakan ujian peringkat bertanda pasangan sepadan Wilcoxon.
Bersama-sama, data kami menunjukkan bahawa lonjakan protein varian minat yang baru dikenali Lambda, yang sangat beredar di negara-negara Chile dan Amerika Selatan, membawa mutasi yang memberikan peningkatan infektiviti dan kemampuan untuk melepaskan diri dari meneutralkan antibodi yang ditimbulkan oleh CoronaVac.
