The (Un) Suspek Coronavirus Novel asal Bat

A kajian terbaru mengenal pasti yang novel coronavirus yang bertanggungjawab terhadap wabak radang paru-paru di wilayah Hubei, China- virus asal kelelawar berkaitan dengan coronavirus patogen lain yang diketahui

. 2019 novel coronavirus (CoV) menyebabkan radang paru-paru maut yang telah meragut lebih dari 1300 nyawa, dengan lebih daripada 52000 kes jangkitan disahkan oleh 13 Februari 2020, semuanya dalam jangka masa lebih dari sebulan. Tetapi, apakah virus ini? Adakah sama sekali virus baru? Dari mana asalnya? Para saintis dari institusi penyelidikan terkemuka di China bekerjasama untuk menjawab soalan-soalan ini, dan kajian perintis ini telah diterbitkan di Jurnal Perubatan Cina.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

Pada awal Disember, beberapa orang di bandar Wuhan di wilayah Hubei di China mula jatuh sakit setelah pergi ke pasar makanan laut tempatan. Mereka mengalami gejala seperti batuk, demam, dan sesak nafas, malah komplikasi yang berkaitan dengan sindrom gangguan pernafasan akut (ARDS). Diagnosis segera adalah radang paru-paru, tetapi penyebabnya tidak dapat dijelaskan. Apa yang menyebabkan wabak baru ini? Adakah sindrom pernafasan akut teruk (SARS) -CoV? Adakah sindrom pernafasan Timur Tengah (MERS) -CoV? Ternyata, para saintis telah melakukan kajian untuk mengenal pasti virus ini pada bulan Disember setelah menganalisis beberapa kes pertama. Kajian ini kini diterbitkan dalam Jurnal Perubatan Cina dan identiti virus telah terbentuk - ia adalah virus yang sama sekali baru, berkait rapat dengan CoV seperti SARS kelelawar. Dr. Jianwei Wang (Akademi Sains Perubatan Cina, Institut Biologi Patogen), penyelidik utama kajian ini, menyatakan, "Makalah kami telah membuktikan identiti CoV asal kelawar yang tidak diketahui sehingga kini."

Dalam kajian ini, para saintis dari institusi penyelidikan terkenal di China, seperti Akademi Sains Perubatan Cina, Institut Biologi Patogen, Hospital Persahabatan China-Jepun, dan Kolej Perubatan Peking Union, bersama-sama menemui dan mengenal pasti CoV baru - penyebab utama wabak Wuhan — oleh penjujukan generasi seterusnya (NGS). Mereka memberi tumpuan kepada lima pesakit yang dimasukkan ke Hospital Jin Yin-tan di Wuhan, yang kebanyakannya adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan di Wuhan. Pesakit ini mengalami demam tinggi, batuk, dan gejala lain, dan pada mulanya didiagnosis menderita radang paru-paru, tetapi disebabkan oleh sebab yang tidak diketahui. Beberapa keadaan pesakit bertambah buruk dengan ARDS; malah ada yang mati. Dr Wang berkata, "X-ray dada pesakit menunjukkan beberapa kelegapan kabur dan penyatuan, yang merupakan ciri khas radang paru-paru. Walau bagaimanapun, kami ingin mengetahui apa yang menyebabkan radang paru-paru, dan percubaan kami seterusnya menunjukkan penyebabnya yang tepat- CoV baru yang tidak diketahui sebelumnya."

Untuk kajian ini, para saintis menggunakan sampel cecair bronchoalveolar lavage (BAL) yang diambil dari pesakit (BAL adalah prosedur di mana cecair steril dipindahkan ke paru-paru melalui bronkoskop dan kemudian dikumpulkan untuk dianalisis).

Pertama, para saintis berusaha untuk mengenal pasti virus dengan penjujukan genom, menggunakan teknologi NGS. NGS adalah kaedah penyaringan yang disukai untuk mengenal pasti patogen yang tidak diketahui kerana cepat mengesan dan mengesampingkan semua mikroorganisma patogen yang diketahui dalam sampel. Berdasarkan penjujukan DNA / RNA dari sampel cecair BAL, para saintis mendapati bahawa sebilangan besar pembacaan virus adalah milik keluarga CoV. Para saintis kemudian mengumpulkan "bacaan" yang berbeza dari CoV dan membina keseluruhan urutan genom untuk virus baru; urutan ini adalah 99.8-99.9% serupa di antara semua sampel pesakit, yang mengesahkan bahawa virus ini adalah patogen biasa pada semua pesakit. Selanjutnya, dengan menggunakan analisis homologi, di mana urutan genom dibandingkan dengan urutan genom lain yang diketahui (dengan ambang yang ditetapkan sebanyak 90% untuk dianggap sebagai urutan "baru"), mereka mengesahkan bahawa urutan genom virus baru ini adalah 79.0% mirip dengan SARS-CoV, kira-kira 51.8% serupa dengan MERS-CoV, dan sekitar 87.6–87.7% serupa dengan CoV seperti SARS lain dari kelawar tapal kuda China (disebut ZC45 dan ZXC21). Analisis filogenetik menunjukkan bahawa urutan dari lima strain CoV yang diperoleh paling dekat dengan strain yang berasal dari kelawar, tetapi membentuk cabang evolusi yang terpisah. Penemuan ini jelas menunjukkan bahawa virus itu berasal dari kelawar. Dr Wang menyatakan, “Kerana kesamaan gen replika virus dengan semua virus "serupa" yang diketahui masih kurang dari 90%, dan juga dengan mempertimbangkan hasil analisis filogenetik, kami menganggap bahawa ini memang CoV baru, yang sebelumnya tidak diketahui. Virus baru ini disebut sementara 2019-Ncov."

Terakhir, para saintis berpindah untuk "mengasingkan" virus dari sampel cecair BAL dengan memeriksa apakah sampel bendalir menunjukkan kesan sitopatik terhadap garis sel di makmal. Sel-sel yang terdedah kepada sampel bendalir diperhatikan di bawah mikroskop elektron, dan para saintis menemui struktur seperti CoV. Mereka juga menggunakan imunofluoresensi - teknik yang menggunakan antibodi spesifik yang ditandai dengan pewarna pendarfluor. Untuk ini, mereka menggunakan serum dari pesakit yang pulih (yang mengandungi antibodi), yang bertindak balas dengan zarah virus di dalam sel; ini mengesahkan bahawa virus ini memang menjadi penyebab jangkitan.

Kajian ini membuka jalan bagi kajian masa depan untuk memahami virus dan sumbernya dengan lebih baik, terutama mengingat penyebarannya yang cepat, kemampuannya untuk menyebabkan ARDS yang membawa maut, dan kepanikan yang disebabkan oleh wabak tersebut. Walaupun 4 dari 5 pesakit dari mana virus ini dikenal pasti berasal dari pasar makanan laut di Wuhan, asal usul jangkitan tidak diketahui. CoV dapat ditularkan ke manusia melalui pembawa "perantaraan", seperti dalam kasus SARS-CoV (daging musang sawit) atau MERS-CoV (unta). Dr Wang menyimpulkan, "Semua CoV manusia adalah zoonotik, dan beberapa CoV manusia berasal dari kelawar, termasuk SARS- dan MERS-CoV. Kajian kami dengan jelas menunjukkan keperluan mendesak untuk pemantauan berkala terhadap penyebaran CoV asal kelelawar kepada manusia. Kemunculan virus ini merupakan ancaman besar bagi kesihatan awam, dan oleh itu, sangat penting untuk memahami sumber virus ini dan memutuskan langkah-langkah seterusnya sebelum kita menyaksikan wabak skala yang lebih besar"