UNESCO telah menetapkan sebilangan laman web yang berkaitan dengan sejarah orang-orang Kristian yang tersusun di Jepun abad ke-16 hingga ke-19 sebagai Tapak Warisan Budaya Dunia ke-18 negara itu. "Tapak" ini terdiri daripada 10 kampung di Kyushu barat laut, serta reruntuhan Istana Hara - yang awalnya dibina oleh Portugis - dan Katedral St. Mary dari Konsepsi Tak Bernoda di kota Nagasaki.
Kerana amalan agama Kristian dilarang di Jepun hingga tahun 1873, orang Kristian (dikenali sebagai Kakure Kirishitan) menyembah - dan mubaligh menyebarkan Injil - secara rahsia. Ini adalah gereja-gereja "rahasia" di desa-desa terpencil di pinggir laut "Kristian" dan pulau-pulau terpencil yang merupakan komponen utama pengiktirafan UNESCO. Reruntuhan Istana Hara adalah unsur lain, kerana digunakan oleh mubaligh Portugis dan Belanda.
Salah satu contoh penunjukan UNESCO yang paling ketara ialah Katedral St Mary's Katolik Rom Nagasaki - juga dikenali sebagai Katedral Konsepsi Rapi - yang dibina pada tahun 1914 setelah larangan agama Kristian dicabut. Katedral yang asli dihancurkan oleh bom atom yang jatuh di Nagasaki pada bulan Ogos 1945 dan replika yang asli ditahbiskan pada tahun 1959. Patung dan artifak yang rosak dalam pengeboman itu, termasuk loceng Angelus Perancis, kini dipamerkan dengan alasan (dan di Katedral Konsepsi Rapi). Peace Park yang berdekatan mengandungi sisa-sisa tembok katedral yang asal. Oura Church adalah gereja Katolik lain di Nagasaki. Dibangun menjelang akhir Zaman Edo pada tahun 1864 oleh seorang mubaligh Perancis untuk komuniti pedagang asing yang semakin meningkat di kota ini, gereja ini dianggap sebagai gereja Kristian tertua di Jepun dan salah satu khazanah negara terbesar di negara ini.
Dari segi sejarah, Nagasaki merupakan jalan masuk awal bagi orang asing ke Jepun. Ia berlaku di Nagasaki pada tahun 1859, setelah Komodor Perry Amerika Syarikat menggunakan diplomasi kapal gun untuk menuntut penghentian pengasingan lebih dari 200 tahun Jepun, bahawa para diplomat dari negara-negara di seluruh dunia menuntut agar pelabuhan dibuka untuk perdagangan. Selepas itu, Maharaja Meiji mengisytiharkan Nagasaki sebagai pelabuhan percuma pada tahun 1859. Dan Nagasaki itulah yang menjadi lokasi untuk novel John Luther Long tahun 1898, Madame Butterfly, yang, pada tahun 1904, diubah menjadi opera oleh Giacomo Puccini, dan tetap menjadi salah satu dunia opera paling digemari.
